ELSI-1（石川台7号館）
文部科学省の補正予算により2015年10月に完成した、総面積4970㎡の新研究棟です。理工学研究科建築学専攻（2016年4月より環境・社会理工学院建築学系）の塚本由晴教授の設計による、全体に「和洋調和」をデザインコンセプトとした建築です。また研究スペースとコミュニケーションスペースのバランスに配慮しています。
地下1階には電子顕微鏡、Crayスーパーコンピュータのほか、地球系、化学系、生物系の実験室が、廊下から見通せるガラス張りのスペースに展開していま
す。
1階のエントランスには広々とした情報発信スペース（ELSIギャラリー）があり、また100名以上を収容可能なレクチャーホール（2019年1月に「三島ホール」と命名）では講演、セミナー、研究集会を行うことができます。
2階、3階には、ELSI所属の研究者はもちろん、長期滞在などで訪れる外部研究者のための研究室も用意しています。各スペースはコンパクトで機能的な設計です。その一方、2階に吹き抜けの開放的なコミュニケーションルーム（アゴラ）を設け、多くの研究者が普段から自然な形で異分野交流を深められることを意図しています。
ELSI-2（石川台8号館）
地球生命研究所は、2012年に大岡山キャンパス内の既存建物（2670㎡）を改修して発足しました。この建物は、新研究棟ELSI-1の完成後はELSI-2と呼ばれることとなり、引き続き一部の実験室や研究室、事務部門などが利用しています。
ELSI-2棟の1階には、広々としたコミュニケーションルーム（ラウンジ）があり、大陸を象ったテーブルや大きな黒板、ドリンクコーナーなどが備え付けられています。月一回の全職員のミーティング（ELSI All Meeting）に使われるほか、セミナーや各種会合に用いられ、研究者の交流の場となっています。